재심사 절차는 종래의 결정계(ex parte) 재심사와 1999년 개정에 의해 추가된 당사자계(inter partes) 재심사로 나누어지며, 특허 재심사 청구자는 양자의 선택권을 가진다(단, 후자의 경우에는 원래의 특허출원일이 1999년 11월 29일 이후인 경우에 한한다). 

결정계 재심사 제도가 1980년에 도입되어 제3자가 재심사를 신청할 수는 있지만, 재심사 절차 개시 후 제3자의 참가가 배제되어 활용도가 낮다는 문제점이 대두됨에 따라, 1999년 법 개정을 통해 당사자계 절차를 도입하였다. 즉, 재심사에 제3자의 참여 기회를 확대하여 재심사제도의 효율성을 제고하여 소송을 감소시키고자 하였다.

결정계 재심사는 일방 당사자절차(ex parte procedure)로서, 법적 근거는 없지만 대체로 특허권자의 참여가 배제된다. 특허권자가 재심사를 청구하는 경우 특허권자와 관련된 자(특허권자를 포함해 대리인, 특허권자와 실질적인 관계에 있는 자 등)는 재심사 과정에서 특허요건에 관련된 모든 정보를 특허상표청에 제출해야 한다. 특허권자가 아닌 자가 청구할 경우에는 즉시 청구서의 사본이 특허권자에게 송부된다. 특허권자가 재심사 결정에 불복하는 경우, 특허상표청 항고심판소(BPAI)에 항고를 제기한 후 연방항소법원(CAFC) 또는 D. C. 지방법원에 불복 소송을 제기할 수 있다. 

당사자계 절차는 선행기술에 근거해 특허권자가 아닌 누구든 청구하게 되면 즉시 그 사실이 특허권자에게 통보하게 된다. 결정계 절차에 비해 당사자계 절차에 있어서 특허권자 아닌 제3자인 재심사 청구자에게 재심사절차 전반에 관여할 수 있는 권한이 주어진다는 것이다. 특허권자가 특허성을 부정하는 재심사 결정에 불복하는 경우, 특허상표청 항고심판소(BPAI)에 항고를 제기한 후 연방항소법원(CAFC)에 불복 소송을 제기할 수 있다(단, D. C. 지방법원에 제기하는 것을 허용되지 않는다). 제3자의 재심사 신청시, 제3자는 특허상표청의 특허성 유효 결정에 대해 불복 심판을 청구할 수 있으나, 연방항소법원(CAFC)에 소송을 제기하는 것은 인정되지 않는다(즉, 제3자가 아닌 특허권자만이 Court Review 신청이 가능하다).

또한 당사자계 절차는 재심사 과정에서 확정된 사실은 - 당시에 획득할 수 없었던 자료에 의해 추후 실수로 밝혀진 것이 아닌 한 - 금반언(Estoppel) 원칙에 따라 추후 어떠한 민사소송절차에서도 다툴 수 없으며, 재심사 과정에서 제출하였거나 제출할 수 있었던 사유를 근거로 동일 특허의 유효성을 이후 다투어서는 안 된다는 제한을 받는다.

(1) 비용과 시간의 절약

재심사는 한국의 무효심판에 일응 대응되며, 특허성을 사전에 확인함으로써 고비용 소송제도의 단점을 보완하고 있다.

재심사는 특허소송에 비해 비교적 적은 비용과 시간이 소요되는 장점이 있다. 다만, 당사자계 재심사절차에서는 특허상표청(PTO)의 결정에 불복하여 항고심판소(BPAI)에 이의 제기하고, 연방항소법원(CAFC)에 항소도 할 수 있는데, 이러한 절차를 모두 거치는 때에는 상당한 시일이 소요될 수 있다.

(2) 조사관에 의한 전문적인 심사

과학기술분야에 있어서는 법관이나 배심원들에 비하여 상대적으로 보다 전문적인 지식을 가진 특허상표청의 조사관에 의한 심사를 받을 수 있다. 그리고 법관이나 배심원들은 상대적인 전문성의 결여로 첨단기술 분야 특허의 ‘진보성(Non-obviousness)’ 판단에 있어 특허상표청의 조사관에 비해 보다 너그러운 경향을 보일 수 있어 특허 무효선언을 얻어내는 데 있어서 법원에서의 특허소송보다는 재심사절차가 매력적인 선택이 되는 측면이 있다.

다만, 일반적인 경우에 있어, 재심사에서의 무효화율은 14%로 소송에 의한 35%와 비교하여 현저하게 열세인 점을 감안하면 우리 기업의 입장에서 신중하게 판단할 필요가 있다.

(1) 재심사 사유의 제한

재심사는 특허성(Patentability)에 관해 실질적으로 종래와 다른 새로운 문제를 제기하는 경우에 가능하며, 또한 이 때 근거로 삼을 수 있는 선행기술은 특허나 간행물형태의 것에 제한된다.

(2) 금반언 원칙에 의해 추후 항변 제한

당사자계 재심사 과정에서는 주장하였거나 주장할 수 있었던 사유에 의한 특허무효의 항변은 - 정의의 원칙에 반하지 않는 한 - 추후 특허소송에서 금반언(Estoppel) 원칙에 따라 제한된다. 따라서 재심사 과정은 법원에서의 소송절차에서와는 달리 증거조사 등의 사실확인(Fact Finding) 절차 없이 신속하게 진행되는 점을 고려할 때 이러한 제한은 때로 재심사 청구자에게 가혹한 것이 된다.

(3) 절차권의 제한

신속한 절차 진행으로 말미암아 시간과 비용을 절약할 수 있는 반면, 소송절차에서와는 달리 충분한 사실조사를 위한 증거조사가 생략된다. 또한, 항고심판소(BPAI)에의 이의 제기 이전에는 구술 심리 절차가 없는 등 절차권 보장에 있어 미흡한 면이 있으며, 특히 결정계 재심사의 경우, 특허상표청의 결정에 불복할 기회가 주어지지 않는 등 이러한 단점이 두드러진다.

(4) 특허권자에게 보정 기회 부여

선행기술에 의한 무효주장에 대해 특허권자는 청구범위를 보정하거나 축소함으로써 무효판정을 면할 수 있는 기회가 주어진다. 즉, 문제된 선행기술 하에서도 특허성이 인정될 수 있도록 청구범위를 축소하거나 당해 사안에서 특허침해가 더욱 명확해질 수 있도록 청구범위를 보정하기도 하는 것이다.